380年）始分隶五都督府。

    南京另有一套军职：

    南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。

    南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。

    南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。