明治天皇睦仁于下午2时告辞离舰，乘坐小汽艇登陆。日本的官员和民众守候在海岸上，一直看见他们的天皇回到皇宫才放心。

    对于明治天皇的友善举动，俄国皇太子很是感动，他在回到俄国后，还特意在报纸上发表了一个感谢公告，以平息俄国人民的不满情绪。

    虽然皇太子遇刺事件暂时告一段落，可日本政府的吵闹依然没有停止，主要的焦点还在于如何给刺客定罪上。伊藤博文主张，应该按照事先和俄方的约定，作为“针对皇室犯罪”来处置；但日本大理院长儿岛惟谦坚持认为自己要固守司法独立，不同意行政干预。由于日本刑法第116条是关于“加害皇室之罪”，规定加害日本天皇、皇后、皇太子等皇室成员者应处死刑，即使加害未遂也要处死。由于事先曾和俄方做过约定，所以日本内阁认为，此案处理不好将会对日俄邦交产生难以估量的后果，因此专门向特别法庭施加压力，要求法庭适用刑法第116条对犯罪分子予以追究。日本内阁特别指出，由于日俄之间事先已经达成谅解，如果皇太子受到威胁，对犯罪分子的处罚要采取日本刑法第116条的规定，这也是避免日本外交食言以伤及日俄邦交的惟一办法。为此，伊藤博文专程会晤了大理院长儿岛惟谦，要求法院方面配合。与此同时，伊藤博文还设法安排法官的好友及前辈对法官进行说服。经过伊藤博文的努力，多数法官初步同意了内阁的要求。

    然而固执的儿岛惟谦却认为，法院必须独立司法。他赶往大津，想要说服7名特别法官改变原来的意见。日本内阁得知此事后，慌忙派法务大臣和内务大臣赶往大津阻止，但儿岛惟谦以司法独立为由拒绝会见他们，并要求7名特别法官也不要见他们，气得法务大臣大骂法官无礼。

    “大津事件”的审判于5月27日开庭。由于法院坚持适用刑法关于普通谋杀罪的规定，最终以谋杀未遂罪判处被告津田三藏无期徒刑。判决后，日本外务大臣、法务大臣及内政大臣相继辞职，想借此消弭俄国对日本审判的不满。

    伊藤博文最担心的是，这样判罪会得罪俄国政府，弄不好还会被俄国当作口实挑起战争，所以他不断给大理院施加压力。可惜儿岛惟谦也是个硬骨头，死活就是不松口，最后更是坚决地表示：他本人就是要捍卫司法独立，如果你们要背叛法律，那他就辞职！