与此同时，前统治者瓦尔波刚好回到磁鼓岛来抢回他的国家。鲁夫等人并在此遇见了帮助他们治疗和与瓦尔波战斗的医生多尼多尼·乔巴。

    阿拉巴斯坦篇（漫画：155－216话／动画：92－130话／剧场版8）

    乔巴以船医身份加入草帽海贼团，一行人和公主薇薇来到了阿拉巴斯坦平乱。虽然在他们赶到皇宫时，内战已经开始了，但最后的一场雨，使得薇薇可以向大家说明七武海之一沙鳄鱼克洛克达尔的阴谋，内战亦随之结束。其后薇薇（和跑得快）向鲁夫等人道别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。接着，新成员考古学家妮可·罗宾亦加入了草帽海贼团。

    加雅篇（漫画：217－236话／动画：144－152话）

    由于纪录指针异常地指向天空，他们来到加雅岛寻找关于“空岛”的线索。

    空岛篇（漫画：237－302话／动画：153－195话）

    乘着巨大海流，一行人来到了积帝云上的“白白海”。他们发现天空的居民并不像表面上的那样和平，空岛原住民与香狄亚之间纷争不断，而“神艾涅尔”却打算将空岛打落蓝海。鲁夫击败艾涅尔后，敲响巨大的黄金钟，并解开了岛民与香狄亚两个种族的心结，也终结了历经战争四百年的故事。

    长环岛篇（漫画：303－321话／动画：207－226话）

    草帽一行人离开空岛后，遇到狡猾的弗克西。他向鲁夫挑战davybackfight一系列的比赛，胜利者可以从败方得到一名成员，如果鲁夫输了，他就会失去所拥有的伙伴。事情结束后，草帽一行人突然失去冒险的记忆，只有罗宾没事。找回记忆后，他们又遇上了海军本部最高战力之一的上将青雉，而他的目的，就是要歼灭曾经从他手中逃走的罗宾。为了保护罗宾，一行人和这个可怕的强敌战斗，败得一蹋糊涂，最后却被放过一马

    水之七都篇（漫画：322－374话／动画：227－263话）

    为了寻找船匠伙伴和修理梅利号，一行人来到水之七都。但是在检查过后发现梅利号已经不能航行，鲁夫决定更换一艘新船。但是骗人布对此决定非常不满，与鲁夫决斗并且战败，然后离开了他们。之后，卡雷拉公司的老板兼水之七都的市长艾斯·巴古遭到袭击，而攻击艾斯巴古的人似乎就是罗宾！

    司法岛篇（漫画：375－430话／动画：264－278,284－290,293－312话）

    草帽海贼团、佛朗基家族、卡雷拉公司等人决定要去救回牺牲自己的罗宾和被抓走的佛朗基，一行人来到了世界政府的辖下的司法岛，展开与cp9的战斗，同时也揭露出世界政府的阴谋及以往的所作所为。

    后篇（漫画：431－441话／动画：313－316,320－325话）

    司法岛篇结束后，草帽一行人挥泪火葬梅利号，一行人回到水之七都。因为在司法岛的轰烈事迹，使得全船的人都遭到悬赏，草帽小子蒙其·d·鲁夫3亿贝里、海贼猎人罗罗亚·索隆1亿2千万贝里、小偷猫咪娜美1千6百万贝里、狙击王骗人布3千万贝里、黑脚香吉士7千7百万贝里、宠物多尼多尼·乔巴50贝里、恶魔之子妮可·罗宾8千万贝里、改造人佛朗基4千4百万贝里。及后佛朗基帮鲁夫他们建造了一艘新船“千阳号”，船匠佛朗基也正式加入了草帽海贼团。而罗宾亦打开了幼年的心结，成为草帽海贼团的真正伙伴。骗人布诚心道歉之后，也回到了草帽海贼团。

    鬼魂岛篇（漫画：442－489话／动画：337－话）

    草帽海贼团航行到魔鬼三角地带，在那里遇见了骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向幽灵船恐怖三桅帆船，然而居住在恐

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